超聲波細胞破碎儀的使用方式是將要破碎的材料放到燒杯中，講破碎儀的探頭放到材料中，開電源設定時間，一個是震動的時間，一個是間歇的時間。注意在破碎的過程中會產生大量的產熱，一般都是冰浴下破碎。這種情況下探頭不發聲。
通過水介質的空化作用，使細胞等結構并不是十分緊密的物料發生破碎、分離。效果好，效率高。屬于多功能、多用途儀器，能用于多種動植物病毒、細胞細菌及組織的破碎，同時可用來乳化分離、均勻提取、消泡清晰、納米材料的制備、粉碎及加速化學反應等。
使用超聲波細胞破碎儀的注意事項：使用時要注意探頭末端離液面10—15mm， 盛樣品的容器為玻璃容器，不可為其它容器；超聲波細胞破碎儀探頭不能碰到容器壁和底；樣品須為水相而非有機相；使用超聲波細胞破碎儀微探頭時，振幅調節不得超過70%，否則會造成探頭損壞。
超聲波細胞破碎儀的優勢：可儲存5個控制模式，具備2種選擇，工作時間由數字定時器控制，達到預定時間自動轉變為待機狀態，另外，手持式的可人為自由控制工作和截止時間，使用靈活方便，適用于少量樣品的處理工作。
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